Al igual que hace quince días, la primera sesión de entrenamientos libres del Gran Premio de Malasia estuvo dominada por Jorge Martín. Por lo tanto, se esperaba que el piloto español siguiera el mismo camino en la segunda. Sin embargo, el español acabó 2º, por detrás de Alex Márquez pero por delante de Jack Miller.

La sesión comenzó con todos los pilotos buscando rendimiento. Marc Márquez marcó el mejor tiempo enseguida (1'59"515), antes de que se lo arrebatara su hermano (1'58"705). Fabio Quartararo, que se encontraba a gusto, sólo ha necesitado 10 minutos para colocarse 3º (+0.509). Por parte de Aprilia, Aleix Espargaró, que ya se había caído en EL1, sufrió otras tres caídas durante la sesión.

La clasificación no cambió mucho después de eso. A pesar de la sucesión de pilotos, tuvimos que esperar otros diez minutos para ver al"Martinator" hacerse con la 1ª plaza (1'58"523). Demasiado rápido, dejó a sus rivales en la cuneta, a pesar de que éstos daban una vuelta tras otra.

Las cosas empezaron a calmarse en el último cuarto de hora. Quartararo encadenó varias terceras posiciones, antes de ponerse en cabeza (1'58"399) a 13 minutos del final. Brad Binder mejoró su tiempo (1'58"310), al igual que Alex Márquez (1'58"227).

Pero todo se redujo a dos minutos del final. Los pilotos apretaron al máximo. Jorge Martín marcó el mejor tiempo (1'57"997), justo antes de que Alex Márquez se lo arrebatara (1'57"823). Quartararo y Johann Zarco pasaron directamente a la Q2 (7º y 10º).