Neeskens, apodado "el Nees", jugó en varios clubes entre 1968 y 1991. Desarrolló su carrera tanto en el centro del campo como en la defensa. Comenzó su carrera en el RCH y se marchó al Ajax en 1970.
En el Ajax, Neeskens se convirtió en uno de los mejores jugadores holandeses de la época, ganando dos veces la Eredivisie, dos veces la Copa de la KNVB, tres veces la Copa de Europa, dos veces la Supercopa de Europa y una vez la Copa Intercontinental En 1974, Neeskens se marchó al Barcelona, donde ganó la Recopa de Europa y la Copa del Rey. En Can Barça, Neeskens era conocido como "Johan Segundo", en referencia a su compañero de equipo y amigo íntimo Johan Cruijff.
Después del Barcelona, Neeskens jugó en el Cosmos de Nueva York (EE.UU.), FC Groningen, South Florida Sun (EE.UU.), Kansas City Comets (EE.UU.), FC Löwenbräu (EE.UU.), FC Baar (Zwi) y FC Zug (Zwi). En estos dos últimos equipos, Neeskens ejerció de jugador/entrenador.
Después de su carrera, trabajó como entrenador tanto en el fútbol holandés como en el extranjero. Tras su primera etapa como entrenador en Suiza, se trasladó a Alemania para dirigir al FC Singen 04, de la Oberliga. Entre 1996 y 2000, el ex internacional fue segundo entrenador de la selección holandesa bajo las órdenes de Guus Hiddink y Frank Rijkaard. Entre 2000 y 2004, Neeskens dirigió al NEC, tras lo cual fue ayudante del Barcelona (con Rijkaard entre 2006 y 2008), de la selección de Australia y del Galatasaray. Su último trabajo fue como entrenador del Mamelodi Sundowns de Sudáfrica entre 2011 y 2012.
Oranje
Neeskens disputó 79 partidos con la selección holandesa y fue uno de los pilares de los equipos oranje que alcanzaron la final en los Mundiales de 1974 y 1978. En Alemania 1974, Neeskens fue el segundo máximo goleador del torneo con cinco tantos, lo que le valió la Bota de Plata. Países Bajos perdió en la final de aquel torneo contra Alemania Occidental (1-2), y Neeskens hizo la primera diana de aquella final con uno de sus temidos lanzamientos de penalti. Cuatro años más tarde, Argentina superó a la naranja mecánica en la final disputada en el Monumental de Buenos Aires.
Las selecciones de 1974 y 1978 suelen considerarse la "generación de oro" del fútbol holandés, que entonces contaba en sus filas con jugadores como Johan Cruijff, Johnny Rep, Ruud Krol, Rob Rensenbrink y Willem van Hanegem.
Al término de su carrera, Neeskens fue incluido en la lista FIFA 100, un ranking de los 100 mejores futbolistas de la historia, elaborada por el ex futbolista Pelé. Compartió este honor con otros 12 holandeses, entre ellos sus contemporáneos Cruijff, René y Willy van de Kerkhof y Rob Rensenbrink.