El ruso, que perdió ante el italiano Jannik Sinner por 3-6, 3-6, 6-4, 6-4 y 6-3 en la final del Abierto de Australia el mes pasado, pasó un récord de Grand Slam de 24 horas y 17 minutos en la pista de Melbourne Park.
Medvedev venció a Sinner en la final de Rotterdam el año pasado.
"Desafortunadamente tengo que retirarme de Rotterdam", dijo el campeón del Abierto de Estados Unidos 2021 en un comunicado el lunes.
"Después de una carrera increíblemente dura y larga en Australia, mi cuerpo (y especialmente mi pie derecho) aún no está lo suficientemente recuperado como para jugar venir y defender mi título".
"Me encanta jugar en Rotterdam, tengo una larga historia con el evento, y estoy deseando volver en 2025".
Sinner, número cuatro del mundo, será el primer cabeza de serie en el torneo de pista dura tras la retirada de Medvedev, con Andrey Rublev, Holger Rune y Hubert Hurkacz entre los otros jugadores mejor clasificados que participan en el evento ATP 500.
El torneo se celebrará del 12 al 18 de febrero.